Comuna Vatra Moldoviţei este situată în partea de nord a judeţului Suceava, pe Valea râului Moldoviţa între cele două obcini ale Bucovinei, respectiv la nord Obcina Mare, iar la sud-vest Obcina Feredeului.
Comuna este străbătută de drumul naţional 17A prin care se asigură legătura cu mănăstirile Humor, Voroneţ, Suceviţa şi mai departe cu Putna.