În biserică se păstrează moaștele Sfântului Ioan cel Nou, martirizat în Cetatea Alba (la sud de Republica Moldova, în Ucraina de astăzi) pe la anul 1332, care au fost aduse la Suceava în 1402 sau 1415 (istoricii nu sunt siguri) de Alexandru cel Bun și ațezate, la început în Biserica Sfântul Gheorghe (Mirăuți) din apropiere (pe atunci încă nu era construită biserica Mănăstirii Sfântul Ioan cel Nou), iar apoi au fost aduse în această biserică de către voievodul Petru Schiopul în 1589.